18.03.99. Представители Объединенной таджикской оппозиции вошли в состав правительства Таджикистана. Президент Рахмонов назначил их на посты заместителей министров. Согласно мирному договору, положившему конец гражданской войне в Таджикистане, члены оппозиции должны составлять треть правительства страны.

10.05.99. Председатель ОТО Саид Абдулло Нури отправился в Тегеран, сославшись на необходимость долечить болезнь, откуда обратился с посланием к спецпредставителю генсека ООН в Таджикистане Яну Кубишу. В послании он обвинил Рахмонова в нарушении договоренностей, согласно которым в республике должны были пройти выборы в парламент и референдум по поправкам к конституции. 18-месячный срок, определенный московским соглашением, давно истек. Лидеры оппозиции требуют вынесения на плебисцит вопроса об отмене положений таджикской Конституции, в которых говорится о стремлении республики к построению "светского государства". Последней каплей было выступление Рахмонова на спецсессии Межпарламентской ассамблеи СНГ, посвященной 1100-летию создания государства Саманидов. В своей речи президент Таджикистана обозначил, что не уступит оппозиции по вопросу о "светском государстве". Нури также обратил внимание на затягивание с назначением на пост министра обороны полевого командира ОТО Мирзо Зиеева и отсутствие обещанной амнистии 93 бойцов оппозиции. Нури предложил в течение 20 дней решить упомянутые вопросы и снял с себя ответственность за нежелательные последствия.

Отношения Рахмонова и исламской оппозиции развиваются в соответствии с достигнутыми мирными соглашениями. Однако новые разногласия по поводу характера государства опять показывают, что целью оппозиции остается приход к власти в максимальном объеме. И если раньше за спиной Рахмонова стоял ряд лидеров Народного фронта, то сейчас Рахмонов успел подрастерять сторонников. В большой степени этому способствует то, что пришедший с ним кулябский клан приобрел славу коррумпированного и не желающего делиться властью с другими. Опираясь на эти доводы, оппозиция может бороться за таджикское общественное мнение и за симпатии ряда кланов, отодвинутых кулябским. Это касается, например, ходжентского клана. И в особенности таджикской части Ферганской долины, родственной по духу исламской оппозиции.